עין איה הוא חיבור הגותי של הרב קוק אשר מבאר את אגדות התלמוד: מסכת ברכות, מסכת שבת ומשניות מסדר זרעים (הנזכרות בעין יעקב). בהקדמת הספר המחבר כותב כי בא לכתוב ספר זה בגלל המיעוט (באיכות ובכמות) של ספרי יהדות "קלים לקריאה" בתקופתו. הביאור מובא בפסקאות ממוספרות ללשון הטקסט התלמודי, ומהן מתרחבים נושאים רבים ומגוונים בסגנון אלגורי.

מגמת הספר מנוסחת בהקדמה, שרבים מייחסים לה חשיבות גם ללא קשר לתכני הספר. בין השאר מציג בה הרב קוק תפיסה היסטורית ופילוסופית של תקופת בית המקדש השני.

הרב קוק החל לכתוב את הספר בגיל 18. כנראה שכוונתו המקורית הייתה לכתוב פירוש מקיף על כל אגדות התלמוד. כתיבת הספר התעכבה מסיבות רבות לאורך השנים. כתוצאה מכך, ניכרים הבדלים משמעותיים בסגנון ובאופי הכתיבה לאורך הספר. רובו של הספר נכתב בתקופת רבנותו בזיימל ובבויסק שבלטביה, ומיעוטו לאחר עלייתו לארץ ישראל‏. יש רבנים הממליצים להתחיל ללמוד את כתבי הראי"ה דווקא ממנו.

מהדורת הדפוס של הספר כוללת ארבעה כרכים. כתב היד של הספר נערך כמה פעמים לקראת הוצאתו לאור; האחת, במזרח אירופה והשנייה ביפו (מהדורת יפו יצאה לאור במלאה על ידי מכון הרצי"ה). באחרית חייו החל הרב קוק לכתוב מהדורה נוספת של הספר, שכללה פירוש על שלושה דפי גמרא. פירוש זה נקרא "מהדורה בתרא" והוא בעל חשיבות. הוא מובא בהדפסות החדשות בסוף הכרך הרביעי, ובישנות בסוף הכרך הראשון.

מקור השם הוא בפסוק בספר איוב (כח, ז): "נתיב לא ידעו עיט ולא שזפתו עין איה". איה הוא עוף בעל ראייה חדה. השם רומז לכך שהמחבר סולל כאן במידה מסוימת דרך חדשה ללימוד אגדה כדבריו בהקדמה, ויש בו גם רמיזה לשם המחבר ("אי"ה" בראשי תיבות הוא אברהם יצחק הכהן) ולשמו של הספר "עין יעקב" - שהוא ליקוט אגדות התלמוד עם ביאורים, המשמש בסיס לביאור של הרב קוק בספרו זה.(ויקיפדיה).